بازداشتگاههای امنیتی براساس دستور ریاست قوه قضاییه تاسیس میشود وتحت نظر سازمان زندانها واقدامات تامین و تربیتی کشور اداره میشوند. بر اساس مقررات وزارت اطلاعات، سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، نیروهای انتظامی وسازمان حفاظت و اطلاعات نیروهای مسلح با مجوزهای صادره از گطرف قوه قضاییه میتوانند چنین بازداشتگاههایی را ایجاد کنند.در حال حاضر چهار مرجع فوقالذکر بازداشتگاه امنیتی دارند.مطابق بند الف ماده یک آیین نامه نحوه اداره بازداشتگاههای امنیتی: «بازداشتگاههای امنیتی محل نگهداری متهمانی است که به لحاظ حساسیتهای امنیتی و نظامی و با قرار کتبی مقامهای صلاحیتدار قضایی تا اتخاذ تصمیم نهایی به آنجا معرفی میشوند وتحت نظر سازمان زندانها و اقدامات تامین و تربیتی کشور اداره خواهد شد.»